政府的佃农可以得到种籽、耕畜和农具，但要向政府交纳一半的收成。私有土地者的佃农则要定期重新商订租约，条件当然前后不会一样；但是也要向政府交纳其收成的十分之一。交给地主者大概至少要占十分之二。清政府尽管确实采取了某些专门措施，但在 1800 年之际，东突厥斯坦的土地租佃、纳税和服役方式基本上是一仍旧贯，同中亚其他穆斯林地区的方式非常相似。②
还有一种农民叫“烟齐”（ynchi，即家奴），他们不以自己的名义纳税，所以不在普通属民之列。家奴最初是犯人，为伯克干活。后来因为伯克强迫农民当“烟齐”，而有些农民为了逃税和避债也自愿当“烟齐”，所以家奴的数目增长了。
宗教组织由三种人组成。在清政府看来，第一种是阿訇。他们凭借其能力和教养行使宗教职能，是唯一拥有官方地位的宗教阶层。他们当中有法官、法学顾问（穆夫提，旧译木甫提）、清真寺神职人员和经文学校（madrasa）教师。政府从所收人头税中拨出一小部分给经文学校学员、毛拉、法基尔和游方教士。
第二种是圣族（赛伊德与和卓），他们在东突厥斯坦的居民中最受尊敬，其中最重要的是玛赫杜姆家族，他们是十六世纪著名的纳赫什班迪教团的教长（谢赫），即玛赫杜姆·依·阿扎姆的后代。另一个是库车的纳赫什班迪教团的和卓们的圣族，他们是十五世纪阿勒沙德·阿丁教长的后裔，使莫卧儿人皈依伊斯兰教的就是这位教长。第三种是出身比较卑微的谢赫和苏菲兄弟会的成员，尤其是纳赫什班迪教团的几个分支，也包括乌瓦依什亚、库布拉维亚、哈迪里亚教团等等。苏菲兄弟会在东突厥斯坦也同在准噶尔的东干人当中一样，具有很深的影响。
在清朝征服以后，也许除了哈密和吐鲁番当地的统治者有权视需要任命毛拉担任政府职务外，东突厥斯坦的阿訇已经没有其他中亚地区的毛拉所享有的那种政治权力了。这样便没有人沟通土官与被统治的民众之间的鸿沟了。只有阿訇在经文学校学习阿拉伯文、波斯文、可兰经及其各种注释；因此，宗教教育在东突厥斯坦的影响便不如在土耳其-伊朗世界那样大，虽然单是在叶尔羌一地就有十所用捐款建立起来的宗教学校。
清政府似乎承认大部分瓦库夫（waqf，宗教捐赠）的土地、墓地建筑和其他圣地有免税特权，免税甚至包括距离喀什噶尔旧城东北十里左右的牙忽②瓦里哈诺夫：《全集》，卷 2 第 343 页；但应参照阿赫麦德·沙的《旅行记》（第 384 页）他指出只有农民才要交纳人头税。①见米尔·伊扎特·阿拉：《中亚游记》，第 27 页。②参见杜曼：《清帝国对准噶尔和东突厥斯坦的征服》，载于齐赫文斯基所编《满人在中国的统治》，第285—287 页。作者给人以错误的印象，使人们觉得这种土地制度是清朝的新创。都地方的阿法其墓在内。清政府在牙忽都还派兵保护和卓的陵墓，这可能是别有动机的，因为牙忽都乃是新疆的阿法其·玛赫杜姆家族最神圣的中心，也是此派同情者的集会场所。既然有私人提供新的宗教捐赠，政府显然就毋需资助了。①
如果阿奇木伯克，即当地统治者，把政府官地作宗教捐献，那些土地也免税。②瓦库夫财产为照看墓地和寺院的谢赫提供了经济基础，甚至使他们生财有道。其中许多谢赫是苏菲，都出身于圣族。
在东突厥斯坦的两大地区中，维吾尔斯坦（主要是哈密和吐鲁番）与中国交往的历史较长，清朝对那里的控制也有很深的根基。象蒙古的旗王公一样，哈密王和吐鲁番王也属于清皇家贵族之列，是世袭统治者（扎萨克），而不单纯是清廷官员或代表。因此，哈密和吐鲁番的地位与蒙古诸旗相等，驻乌鲁木齐的都统仅对他们的事务实行单纯的监督作用。清政府直接控制的只有将近两千四百名绿营兵和约二百名汉民流犯（流犯都在哈密境内），他们耕种着总数约四万五千二百亩土地。①
受清政府直接控制的还有汉族移民和来自中国本土的汉商。不过对于维吾尔斯坦当地定居民的治理，哈密和吐鲁番的扎萨克享有完全的自治权。他们自己向清廷进贡，但只有他们才有权向所辖属民征税。不全适合这条规矩的唯一例外就是：耕种清政府官地的当地人（主要是在辟展），每年得向清政府交纳土地使用税（其总数约为粮食三千五百担）。
东突厥斯坦的另一主要地区——六城，在政治设置方面大大有别于维吾尔斯坦，因为塔里木盆地的整个官僚机构是直接受清廷驻喀什噶尔的参赞大臣统辖，参赞大臣则归伊犁将军节制。来自伊犁的旗兵和来自甘肃、陕西、乌鲁木齐的绿营兵组成的主要戍军，指挥部设在乌什吐鲁番，该地是通向连接六城与伊犁的木扎提山口的要冲。在喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌，有一支较小的戍军是八旗兵和绿营兵；焉耆、库车、赛里木和阿克苏等地也有绿营兵驻守。主要的军事垦区在焉耆和乌什吐鲁番。和阗也有绿营兵。但是在一般情况下，乌什吐鲁番以西之地不驻汉军，以免引起六城居民——最集中的地方是在塔里木盆地的两端——的反感。