宗教部分是由一位能够直接接触达赖喇嘛的大总管（总堪布）领导。他的下面设译仓，由四位大仲译组成，与噶厦相对应。译仓经管寺院，但拉萨的格鲁派三大寺院（甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺）除外，它们直接听命于达赖喇嘛；译仓还负责登记转世喇嘛。译仓之下是一整套由三大寺僧官组成的宗教官僚体系。他们大多数是平民出身。僧官管理宗教事务和达赖喇嘛的家财，并担当其他各种职务，例如同俗官一道担任行政长官。这套政府结构，无论是宗教的还是世俗的，都是创于十八世纪二十年代，“在以后的二百年中，没有任何实质性的变动。”①
俗官出自西藏贵族，他们因拥有农田和担任官职而具有贵族血统。根据达赖喇嘛政府的观点，牧民当中不存在贵族。从理论上说，贵族地位必然与政府职务联系在一起，儿子不能继承父亲的地位就被认为降成了平民，除非他出家当喇嘛。然而在实际上，贵族家庭的诸幼子很少过平民生活。贵族家庭的收入来自达赖喇嘛的政府拨给的世袭领地，这是为了报偿贵族派出一个（有时是两个）儿子去担任政府职务之故。这些领地是贵族的主要地产。贵族家庭通常用他们领地的名称命名，但是贵族还可以拥有其他土地，他们不仅依据领地的名称来命名，也还依据他们拉萨府第的名称来命名。如果某家贵族没有儿子担任政府职务，就要为其领地支付空缺费，直到补上空缺为止。
贵族的官职与他的收入没有直接的联系。高级贵族出身的官吏都是富家子弟，即使担任低级职务，收入也多；穷家出身的官吏就是担任高级职位，收入也较低。官员可以以优厚的条件从政府贷款，但却以更高的利率转手放债。他们作为包税人，要按规定数额向拉萨政府交纳，但征收时总是超过规定的数额。如果官员调动，他们可以得到政府的特别津贴，可以差遣农民服役。他们往往滥用这种权力，要农民为他们搬运私人货物。①卡拉斯科：《西藏的土地和政体》，第 137—138 页。①彼特奇：《西藏的贵族和政府》，第 7—19 页。
卫藏的贵族血统是各不相同的。最古老的贵族是中央集权在拉萨巩固之前就当西藏统治者的藏王和西藏大臣的子孙。但是在十八世纪，随着格鲁派势力的巩固，达赖喇嘛诸家族也加入了贵族行列，这些新贵族很快就比旧贵族甚至更重要。一般说来，贵族男子只能娶贵族妇女；如果无嗣，可以过继其他贵族之家的儿子。过继者便从继父姓氏，并为这个家系接代传宗。在政府担任过最高职务的贵族享有特权，不过政府尽量不使任何家族长期把持某一行政职务。
贵族的领地和担任政府职务的权利是世袭的，但是他们的职位不能世袭。实际上，拉萨政府的政治影响仅能施之于卫藏贵族，以及工布和塔布的主要家族。藏区在十八世纪较为重要，但是大约在 1792 年以后卫区的作用变得更突出了。少数几家贵族垄断了政府中的最高职位，在整个十九世纪，这类贵族家系的数目仅略有增加。
卫藏世家大族为中央政府提供官员从而形成了贵族政治，此外地方上还有大量地主、显贵和宗教权贵，例如本巴（本教巫师）和阿巴（即驱雹师，因冰雹给西藏许多地区带来可怕的灾害，这些人作法驱雹，可得一份驱雹税），他们在地方上行使一种半官方的权力。在西藏本土的外围地区，还有一些当地的家族也很重要，它们是过去的当地封建主后裔。在有些地方，他们俨然就象当地的小贵族那样行事。但在另一些地方，他们不过是持有免税土地并有权支配村民劳动的世袭头人。①
格鲁派寺院集团在很大程度上与世袭贵族相互勾结， 同世俗贵族一样有权势。次于达赖喇嘛的最重要人物是班禅，他也是活佛，在黄教居第二位，坐床在日喀则附近的扎什伦布寺。班禅喇嘛的辖地是一个模仿拉萨的具体而微的自治小邦，当地世俗贵族也得到领地，作为在政府供职的报答。康区西部的格鲁派诸活佛在管理自己的土地中都多少有些自治权；格鲁派喇嘛和寺院在西藏境内到处都有。贵族在寺院集团中一般都拥有特权地位。活佛常常产生于贵族中，贵族出身的喇嘛享有的机会通常是平民出身的喇嘛所得不到的。贵族出身的僧官比一般僧官更有威势，贵族出身的喇嘛从家中得到的财政支持也较多。
拉萨政府的僧官都是选自甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺最有资质的男孩，他们经过设在布达拉宫的专门学校训练，学校严格实行独身制度。与俗官不同，僧官所担任的职务显然没有个人领地作为报偿，除非他担任的官职拥有可专门维持官员生活的土地。这样，他们就得主要依靠本寺来维持生活。僧官的生活来源有限，同格鲁派诸活佛拥有的财富形成鲜明的对比，因为这些活佛不仅占有良田，而且还从放款和经商得到额外收入。
古老而“未经改革”的教团寺院，只要承认达赖喇嘛的政治权威便可以得到土地；所有的土地在理论上都是属于达赖喇嘛的。这些老教派就是萨迦派、宁玛派和噶举派，它们被统称为红教，但是象格鲁派那样，它们只是寺院的教团而不是什么宗派；“红”的称呼更适合用于表示噶举派噶玛巴宗的所谓红帽喇嘛，以区别于黑帽系统。在西藏本土，萨迦派享有特殊的地位，它的长老统治着藏区西部一个自治的宗教邦。
在 1800 年，西藏各喇嘛教派的男性喇嘛总数约有七十六万，分属于近二千五百个寺院。①各个阶级的男子都可以当喇嘛，只是贱民（如分尸者、屠①见卡拉斯科：《西藏的土地和政体》，第 127—136、213 页。①达斯：《西藏的寺院》，第 106 页；卡拉斯科：《西藏的土地和政体》，第 121 页。夫、渔夫、船工和铁匠，西藏西部还要加上乐师）和残废人除外。不过富家男子更有机会依次晋升（候选—见习—受戒喇嘛—学衔获得者—法师），因为当喇嘛要部分地自给，在每次晋级之前要交纳各种费用和宴请僧众。所以许多贫家出身的候选者只能升到见习，而依靠给俗家当牧人，管理寺产或作手艺过活。某些教团的最高职务一般都不用从下层上升的喇嘛担任。达赖喇嘛和班禅喇嘛是活佛，格鲁派中许多担任最高职务者也是活佛。不丹的主巴派、锡金的宁玛派和拉达克希米斯寺的首脑也都是活佛；萨迦派和宁玛派主要寺院的统治阶层和长老则都是世袭，不让有才干的喇嘛接近这个禁脔。最重要的例外是格鲁派创始人坐床的甘丹寺，它的长老一职倒是对有才干的喇嘛开放的。