清政府担心汉族商人会控制六城的经济（就象汉人商号和钱庄在满洲和蒙古所作所为那样），从而激起东突厥斯坦人的愤怒和反叛，因此采取一种严禁六城与汉人接触的政策。派到六城的清军也采取换防制，以防他们久留当地；清政府还尽量少用绿营兵，而把六城官地租给当地农民生产粮食以供军政之需。清政府不在六城设立流放地，也不许平民移民和商人进至哈密以西各地。
没有恰当的理由和合法的护照，清朝当局不许可汉族平民前往东突厥斯坦的任何地区。清朝政府还竭力把其官吏同六城土著隔开。在塔里木盆地的每一主要城市，清朝都建造了有围墙的要塞，作为衙门所在而与当地土著居民分开，这①波罗夫科夫在他的《喀什噶尔所出 1812 年的瓦库夫文书》（载于季赫米洛夫所编《考古地理学 1959 年年鉴》，第 344—349 页）一文所引 1812 年的瓦库夫条目中，并未提到清政府。关于十九世纪新疆的宗教捐赠的文书，现保存在哈佛大学霍顿图书馆（尚未编目），其中两件的日期是 1804 年，一件是 1867 年，一件是 1879 年。1867 年的文书写在羊皮纸上。其他三件是抄本。②阿赫麦德·沙：《从克什米尔经拉达克到叶尔羌的行程》，第 384 页。①曾问吾：《中国经营西域史》，第 276 页（据载，1777 年有耕地 45，186 亩，绿营兵为 2，380 人，流犯为 180 人）。是满人或汉人的县治，称为焉吉沙尔（新城），或哈拉伊沙尔（城堡），在喀什噶尔和叶尔羌则称为古勒巴格（意为“玫瑰园”）：清守军、官署和非本地官员即居住于此。这些满人城堡位于旧城之外。在某些小居民点，它们仅是一些位于旧城镇旁其围墙仅及肩高的土围子。
到十九世纪中期，穆斯林与非穆斯林在库车就已经混杂而居。新城与旧城之间的交通限制是严格的。只有在白天清朝人员才可与当地人接触。入夜则将城堡大门上锁。未经邀请和批准，东突厥斯坦的男女人等不许进入满人城堡。
同样，清朝官员也不能随意前往土著村镇。唯一的例外是得到当局许可（但却未必合法）的少数清朝官员在那里开设酒店、客栈和酒厂。政府是限制放债、雇佣当地劳力和订立其他商业合同的。
清政府对于伊斯兰和当地习惯持不干涉政策：允许东突厥斯坦人使用回历，穿着传统服装，除伯克外可不留辫子。不过，比这些象征性姿态更重要的是，清朝尽量保持了许多是在莫卧儿人、准噶尔人和玛赫杜姆家系和卓们统治之下就已存在的当地的统治形式。尽管清王朝象先前加封哈密和吐鲁番的统治者为贵族那样，也把库车、拜城、阿克苏、乌什吐鲁番与和阗的几位东突厥斯坦支持者封为贵族，但在六城却没有设立有统治权的扎萨克，而是建立了一个东突厥斯坦人的官僚阶层。由伯克和阿訇组成的这个官僚阶层住在土著城镇和乡村，直接治理当地居民，并按照流行的哈乃菲学派的法律成例审理案件。使外国人印象很深的事实是：穆斯林与“中国人”（指满人、绿营兵和六城地区其他非土著属民）之间的纠纷也用穆斯林法律解决。一位旅行家就曾经指出：“法律执行得很严，即使对贵族也一样；如果某王公杀死一个穷人，凶手也没有指望可免死刑”。不过，在司法方面，清政府至少从中国本土带来了一个新花样：外国的穆斯林曾因看到罪犯戴枷而表示吃惊。①
在清朝统治下，土著官吏一经任命便都拥有伯克头衔，即使那些官职是非世袭的也如此；即使任职的官员也不必选自清代以前就有世袭伯克头衔的贵族之家。换句话说，“伯克”过去是贵族的称号，这时已经变成“官员”的同义词。虽然有些伯克因世代为伯克而出于礼貌之故被继续称为伯克，但是清朝采用这一头衔的实际作用在于侵夺塔里木盆地土著传统贵族的领导，并使满人的王朝成为一切世俗权威的来源。
最高级的伯克（清制三、四品）要著汉装和蓄辫。政府对于他们的任命遵循“回避法”，就东突厥斯坦的情况来说，这意味着土著不得担任当地的主要伯克。在理论上，回避法旨在防止贪赃枉法，但是清政府在六城推行回避法的主要理由，还在于它在政治上驾驭哈密和吐鲁番的统治者家族以及库车和拜城的新贵族（因为他们的地位完全是受清朝之赐）比驾驭东突厥斯坦其他地方的上层贵族更有把握。这类伯克的官职不是世袭的，但是除非渎职，都能继续留任，不象清朝驻军员司那样定期更换。换句话说，六城的最高级伯克们都是行政首脑和官员，而且一般都是贵族，但他们与哈密和吐鲁番的统治者不同之处是不能世袭。他们最后要受理藩院管辖。最高层伯克享有每年进京朝贡皇帝的特权，从而使他们得到相当可观的回赏和许多好处；直到1859 年，这种作法才被废除。
统率土著官员的是几位阿奇木伯克，即几位地方的总管，其中最重要的① 阿赫麦德·沙：《从克什米尔经拉达克到叶尔羌的行程》，第 383 页。是主管八大城行政的阿奇木伯克：这八大城即焉耆、库车、阿克苏和乌什吐鲁番组成的所谓“东四城”，喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌和额里齐（即古和阗，和阗之名此时已用于总称全区）组成的所谓“西四城”。这些城市各有属区，由许多小城镇和乡村组成。喀什噶尔和英吉沙尔的阿奇木伯克有权直接向北京的皇帝上奏，其他地方总管同中央政府打交道则要通过新疆驻军当局，如果必须同北京联系，可以通过驻喀什噶尔的参赞大臣。在阿奇木伯克之下，则是一大批专司其事的小伯克。
伯克没有直接薪俸，他们的收入来自赏赐的官地（多寡视品级而定），享有官地的全部收成；还有赏赐的奴隶为他们耕种和承担其他劳役。按照清朝惯例，国家还给予他们少量养廉银，在调动工作时由政府出盘费。作为一种权力象征，伯克坚持要下属叩头，且蓄发留辫。浩罕和布哈拉的官员往往不通文墨，六城的伯克则不同，他们既通汉文和满文，也懂得一点宗教和历史。伯克们可能遇到的一项令人头痛的礼仪就是每月月初清晨都要到孔庙祭孔，不过他们似乎已将这种国家大典同自己的宗教调和起来了，伯克们在这里要向皇帝画像跪拜。他们也模仿清朝旗人，又喝酒，又吸鸦片。①
官方所承认的一部分宗教集团不受当地官吏的管辖，但是按照惯例，必须在公共道德和宗教教育方面受他们的司法官员的监督。同土著民政官员拥有伯克头衔一样，那些教团的成员也都有阿訇的头衔。阿訇，实即东突厥斯坦的官员乌列玛，他们执行地方司法职能，组织和领导居民的宗教和文化生活。各地教团的主要人物是大法官（阿拉姆阿訇），其下属有法官（哈孜阿訇）和顾问（穆夫提阿訇）。大清真寺的掌教、捐施收集人、教区清真寺主事以及在经文学校传经授课的阿訇，都对当地的大法官负责。阿訇们的生活来源还不清楚，不过他们似乎是依靠捐赠和不动产收入。许多阿訇，特别是最富有的阿訇，都从宗教布施中获得收入。