漕米定额是向县里征收的，但征收本身在县里不是归漕米机构经办，而是由正规的地方政府经办。纳税人交给地方经纪人，由后者把漕米送到县的征集点；在这里由县长验收，他负责把它交到漕运机构的代理人那里去。因此，漕运制度催征的负担最后落到了内外交困的县长身上，县长只好向他自己的法定的省一级行政上司那里去发牢骚。④
这些抱怨最后就导致某些省级官员与在漕运中有既得利益的官员发生冲突。 1803 年之后当漕运制度已露出百孔千疮的苗头时，利害的冲突开始集中在向皇帝提建议是否赞成使用海路的问题。与漕运有联系的官员力图保持运河的内陆运输体系；许多正规省一级官员则希望放弃它，主张利用沿海的海运。
1824—1825年的海运辩论达到高潮，那时内陆漕运体系已暂时瓦解。漕运危机早在 1803 年就已见预兆，那时黄河的涨水淤塞了运河，使开往京师的运粮船运行不畅。那时有许多长篇大论的计划和奏疏上呈给皇帝，主张另辟新径发展海路，象元代和明初所实行过的那样。黄河大水一退这些建议就又都消声匿迹，但它们在 1810 年又被提出来考虑，因为运粮船这时再度被延误，因而迫使皇帝急于征询关于运河河道与海运同时并举的意见。绝大多数省一级官员这时的反应是持否定态度。在浙江和江苏两省高级官吏的支持下，南京总督勒保上疏条陈十二大理由，说明海运为什么既不可行，也不可取。1815 年问题再次被提出，又再次被否定。一个最重要的理由是说不应该改变祖宗的成法。
持这种观点的人后来能把皇帝本人在 1816 年否决海运建议的措辞强硬的上谕当作护身符。①由于私营沿海贸易这时正蒸蒸日上，就显得持反对海运的大多数论点是昏庸无知的。虽然海盗猖獗、气候恶劣以及造船费用昂贵（凡此都被用作不便开辟可以行之有效的海运的理由），并没有妨碍在嘉庆时代已有约三千五百条江苏省商船（“沙船”）的长江下游商人进行海上贸易。当时已知有少数企业主拥有三、五十条船的船队，他们主要把华北的豆子运往南方牟利。
赞成开海路的人们认为，这种私人贸易可由政府与私商合作来加以发展，其结果是最后会使他们得利。大家知道，大宗沿海贸易是从北到南的走向；北上的船因载货少而往往装载泥沙压舱。户部尚书英和建议，运载漕米的私商在北上时可分拨百分之二十的吨位装私人货物；回船则可以完全装商品货物。①从赞成开辟海道的人看来，海路最重要的是有经济上的优越性，因为它②星斌夫：《大运河：中国的漕运》，第 223—224 页；席裕福编：《皇朝政典类纂》，卷 49 第 3 页。③星斌夫：《大运河：中国的漕运》，第 164 页；席裕福编：《皇朝政典类纂》，卷 48 第 4—5 页。④关于漕运机构强加给地方政府的负担，参见欣顿：《清代的漕运制度》，第 349、351 页；又见星斌夫：《大运河：中国的漕运》，第 165、190—191 页。①星斌夫：《清末河运向海运的转移》，载《东洋史论丛：和田清博士古稀纪念会编》，第 8O9—810 页。又见孟森：《清代史》，第 338 页。①
包括英和建议在内的许多开海路的建议，可见之于贺长龄的《经世文编》，第 48 卷。又见孟森的《清代史》，第 338—339 页；星斌夫：《清末河运向海运的转移》，载同上注 809—810 页。是一个避开运河航道上无数检查站和中间人的办法。海运的倡议也恰恰因为这些理由而遭到得运河之利的既得利益集团的反对。②
到十九世纪二十年代，这些最有势力的既得利益集团之一便是那些已经出牌在沿运河各站担任“漕委”的候补官员集团。这些官员的任命是受漕运总督本人督办的，因此“漕委”被视为私人庇护制的独立王国，别人是不能染指的。例如，1819 年清帝就指斥漕运总督在一年之内增加了他下面的札委人数达一百四十人。③不论运河上的商人或是沿海贸易的商人，都倾向于联合起来反对开辟海路。反对的一个理由是这样一种事实：嘉庆时代运河上的粮运已大大商业化了。北上的粮船上相当大一部分载货是在私人手中，南下的船只则装载着能获利的私盐。④
其次，沿海贸易的商人也不愿政府染指私人航运，因为自 1684年康熙帝取消沿海商业的禁令以来，海上贸易已是他们的禁脔。那些反对海运的官员最初用的一个法宝是向海员本人调查沿海情况，而他们的报告异口同声地都是使人泄气的。⑤
海运论战中两派的冲突在 1824 年后期达到了不可开交的地步，因为开往北京的运粮船队陷进了淤泥中，并且长期受阻于高邮南部的洪水地带。这一危机迫使道光帝恢复了他父亲统治时期已开始的辩论。可是，这一次危机的严重程度足够使他们达成妥协。开往北京的粮船仅仅四分之一顺利地通过了黄河；其余船只全被绝望地阻滞在路上。皇帝接受的海运的主要计划是英和写的，由另一满洲政治家琦善监督执行；后者在危机期间曾被任为代理南京总督。琦善在那里与新任命的江苏巡抚陶澍以及布政使贺长龄合作，计划从上海派出海路运粮船只。漕运总督衙署似乎暂时被打入了冷宫，它有两年时间充斥着一批批被札委的官员，其中还一度包括刚刚发迹的、皇帝的年轻宠幸穆彰阿。①
从一开始，皇帝就竭力让所有官员都认识到，开辟海路的倡议是临时性质的。事实上，批准启用海运是以在第二年立即着手修复运河为条件的。河运辩护者认为，修复工程本身会为世袭河工提供必要的就业机会，不然，他们就会因使用了海路而变得无所事事了。琦善的继任者在 1827 年强烈地要求继续使用已被证明是行之有效的海路，但他的建议被驳回了。②