2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（现称COVID-19），新型冠状病毒爆发已两个多月，确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。

中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组，包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。

2020年1月24日，国际顶级医学期刊The Lancet（《柳叶刀》）发表了题为Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China（《中国武汉地区2019年新型冠状病毒感染者的临床特征》）的文章。作者都是来自中国的专家学者，还有在武汉工作的医生，其中包括金银潭医院的副院长黄朝林，还有中日友好医院的医师曹彬等。

综述，66%的患者有武汉华南海鲜市场接触史，因此该地点被高度怀疑为发病源头。但是需要注意的一个细节是，2019.12.1第一例患者发病，但是该患者并没有武汉华南海鲜市场接触史，并且他的家人均未发烧或出现任何呼吸道症状，而且他和之后的患者之间也没有发现流行病学的联系；接下来2019.12.10发病的三例患者中，有两位也是没有华南海鲜市场接触史。因此谨慎的说，疾病的发病源头仍然存在其他地方的可能性。

美国乔治敦大学传染病专家丹尼尔·卢西（Daniel Lucey）表示：“13个人和这个市场没有任何联系。这不是个小数字”，如果数据真实准确，那么最早的感染可能发生在2019年11月。

《科学》杂志早在1月26日发表过一篇研究论文，题目就是：“病毒起源地可能另有他处，最早感染或在11月”。注意，研究者通过追踪将时间定格在“2019年11月”。论文还发现，第一批中最早的4个病例中，有3人没有华南海鲜市场暴露史。论文作者表示，“现在看起来很明确，华南海鲜市场不是唯一的疫源地。”

基于120个变异位点得到58种单倍型（基因类型），单倍型演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体（mv1，可能是一个祖先单倍型，可能是来自中间宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外，根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件，93个基因组之间有120核苷酸发生了突变（0.41%序列长度），并均匀分散在10个编码区（χ2=1.958, df=9, P=0.99）。120个突变的核苷酸关联了119个氨基酸密码子，其中79个密码子 (65.83%)改变了氨基酸类型，并有42个(53.17%)氨基酸理化性质都被改变

值得注意的是，首个感染新型冠状病毒患者的发现症状的日期为2019年12月1日，从文章披露的内容看，其没有华南海鲜市场暴露史，家人也未出现发热和呼吸道症状；至12月10日，才另有3人发病，其中两人也没有华南海鲜市场暴露史。这些结果与武汉市卫健委此前通报的首例病例时间不符，同时为一直被认为是疫源地的华南海鲜市场打上问号。

根据《柳叶刀》披露的情况，金银潭医院收治的首个感染新型冠状病毒患者发病日期为2019年12月1日，其没有华南海鲜市场暴露史，家人也未出现发热和呼吸道症状；至12月10日，才另有3人发病，其中两人也没有华南海鲜市场暴露史。在金银潭医院收治的前41名患者中，仅有27名接触过华南海鲜市场。